索县位于西藏东北部、那曲地区东北部、怒江上游的索曲（河）流域。索县位于藏北高原和藏东高山峡谷的结合部，属南羌塘大湖盆区。地形以山地为主，地势西高东低，由西到东逐渐倾斜，平均海拔3572米。
空气稀薄，雨雪较多，日温差较大，冬春多大风。年无霜期仅40天左右，年日照时数2477.2小时，年降水量572.9毫米。常见的自然灾害有大风、暴雨、雪灾、冰雹、霜灾等。
